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    • 保卫处

    • 国际交流合作处

    • 离退休工作处

    • 基建后勤处(国有资产管理处)

    • 实验室与设备管理处

    • 信息化建设管理处

    • 招投标办公室

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    • 药学院

    • 中药学院

    • 生命科学与技术学院

    • 国际医药商学院

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    • 工学院

    • 基础医学与临床药学学院

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    • 外国语学院

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    • 高等职业技术学院

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    • 继续教育学院

    • 国际教育学院

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    • 药物质量与安全预警教育部重点实验室

    • 新药筛选中心

    • 江苏省药物分子设计与成药性优化重点实验室

    • 江苏省肿瘤发生与干预重点实验室

    • 南京开放实验室

    • 国家药物政策与医药产业经济研究中心

    • 国家执业药师发展研究中心

    • 新药研究中心

    • 江苏省代谢性疾病药物重点实验室

    • 江苏省生物药物成药研究重点实验室

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